我国机构编制管理的内容还是比较多的，但主要的有四项，即体制管理、职能管理、机构管理、人员数量管理。
一、体制管理
从20世纪90年代以来，党中央、国务院将“研究拟订行政管理体制改革的政策法规和总体方案”的职能任务明确给了各级国家机构编制管理机关，并写入了各级机构编制委员会办公室的《职能配置、内设机构和人员编制方案》。这说明，机构编制管理的首要任务和职责，就是国家的行政管理体制。
所谓行政管理体制，是指行政组织的机构设置和权限划分，是在行政组织中确保行政领导的作用和效能发挥的组织结构形式，其实质就是在行政机构之间确立领导与被领导的关系，建立指挥与服从的秩序，以保证行政活动意志统一、行为协调、完整高效。
我国行政组织的结构体制就是层级制和职能制的统一。层级制是指从中央到地方，分为中央人民政府———国务院，省（自治区、直辖市）人民政府，市（州）、县人民政府，乡（镇）人民政府四个行政层次；职能制是指每一层级的政府又分为若干职能部门，如国务院的各部、委员会、署，省（自治区）政府的各厅、局、委员会，市（州）、县政府的各局，乡（镇）政府的综合办事部门。这样就形成了一个纵横交错的行政组织体系———我国现阶段的行政管理体制。在这个严密的体制结构中，纵向的层级机构之间和横向的职能部门之间，以及纵向的层次机构、横向的职能部门与其他类型的机构之间的关系如何调整和改革，都是机构编制管理机关需要认真研究的。
二、职能管理
职能管理就是要对各级政府及其职能部门进行科学的角色定位。机构编制管理的科学性和合理性，首先取决于行政职能的合理配置和行政管理职责的合理分工，不但要具体配置，而且要形成总体上优化的职能结构和职责关系。这是进行机构管理和人员管理的前提和依据。
一般来说，职能管理包括四个方面的内容：一是对政府职能转变和调整提出整体意见和建议。政府的职能转变和调整关系全局，是采取稳健式、急进式，还是综合式，对职能无论是强化、弱化、撤销、合并，还是下放、委托、转移，必须提出整体的意见，系统处理。二是合理配置各部门的职能。要在职能分解的基础上确定各部门的职能，包括职能内容、职能幅度等。三是协调各部门的职责分工以及上下级政府之间的职责分工。通过协调和仲裁，消除职责分工矛盾和冲突等无序现象，解决好集权和分权、分工和合作的关系。四是协调政府与企业和事业单位、社会团体及其他部门的职责分工。要转变全能政府的观念，通过权力转移和委托等方式，把政府不该管或管不好、管不了的事交给其他组织管理。
三、机构管理
机构管理，主要指对机构设置与调整的管理，具体包括对机构设置的总量、性质、名称、级别、规模、布局、序列、层次等诸多内容的管理。机构总量管理，目前主要是由中共中央、国务院对县以上地方政府工作部门和省（自治区）政府派出机关工作机构设置提出总量限额以进行控制。机构性质的管理，是根据各机构所承担的职能，划清机构是行政性质，还是其他性质，只有行政机构，才能列入政府序列。对机构名称管理，要求名副其实、统一规范、简单明确、易于辨认。机构的级别，是指确定机构的行政地位，并赋予相应的权限，以明确机构的上下级领导或指导关系。机构规模是机构外在的量，包括机构工作数量、内设单位数量、内部设施的数量等几个方面，规模的大小，主要根据机构所承担的任务和工作性质、人员编制数等确定。机构布局是指机构的地理分布状况，机构布局是否合理，对机构本身及相关机构的工作，对国家建设的总体规划和机构所在地的工作都有一定影响。要求尽量靠近服务对象，有便利的交通和通讯条件，便于和相关机构联系。机构序列即机构排列的先后次序，各级人民政府的机构序列，由本级政府及其机构编制管理机关排定，对不同性质的机构，应分别列入不同的机构序列。机构层次包括机构外部层次和机构内部层次两个方面的内容，外部层次表明从政府最高层到最基层的级差，内部层次表明内设机构的级差，应在管理幅度恰当的情况下，尽量合理安排，减少层次。
四、人员数量管理
人员数量管理即人员编制的配备。应根据机构的性质、编制的类型，不同的需要和情况，合理确定人员编制。从宏观方面看要依据人口、面积、行政区划以及社会政治、经济文化等发展情况；从微观方面看，要依据单位性质、职能、管理方式与手段等来确定。
人员编制管理主要包括三方面内容：一是人员数额。即确定在编人员的总数额以及分配到各级政府及其各工作部门、单位的具体数额。人员数额的大小，关系到政府机关、单位规模的大小，必须严格控制。二是人员的结构比例。不论是行政机关还是事业单位，都不是简单地把一定数额的人员聚合在一起，而是要将工作所需要的不同素质和能力的人员，按工作需要的比例，安排成合理的结构，而有效地开展工作。比如各种业务人员的比例、业务人员与其他人员的比例、领导和一般工作人员的比例、正职与副职的比例、不同知识水平人员的比例等。三是领导职数。即某一部门、单位或职位配备领导人员的数额规定，主要根据管理幅度确定，关键是要严格控制随意配备领导职数。
